Créés par le congrès, les comités fédéraux ont comme fonction principale de soumettre au comité exécutif et au bureau fédéral des pistes d’orientations et de politiques générales de la fédération dans le cadre des orientations définies par les instances. À l’exception du comité fédéral sur les assurances et les régimes de retraite dont la désignation est précisée à la présentation du comité. La composition des comités est définie par le congrès et leurs membres sont aussi élus par lui.
On compte sept comités au sein de la fédération:
- le comité action internationale
- le comité fédéral sur les assurances et régimes de retraite (CFARR)
- le comité école et société
- le comité femmes
- le comité sur la précarité, la relève et la vie syndicales
- le comité santé et sécurité
- le comité environnement
- le comité de surveillance des finances
- le comité diversité sexuelle et pluralité des genres
